据了解，厦漳大桥收费方案由厦漳大桥有限公司邀请交通部所属科研院所制定，是根据大桥还贷期和通车流量的近远期变化等数据进行测算的，综合考虑了国内目前收费大桥的普遍状况。通车后，厦漳跨海大桥将由漳州高速公路公司管理，并纳入省高速公路系统。
具体收费标准：一类车2.68元/车·公里，二类车5.36元/车·公里，三类车7.50元/车·公里，四类车8.04元/车·公里，五类车9.38元/车·公里。对载货类汽车实行计重收费，暂定基本费率0.428元/吨·公里。
如此算来，单次通行费用比原本绕行厦门湾的费用高出许多。
昨天下午，记者从漳州市长运集团处获悉，目前营运部门已经在制定厦漳专线的线路调整方案，预计下个月会上报市运管部门。相关负责人表示：“跨海大桥通车，厦漳专线的路程就缩短了不少，这对我们肯定是有利的。”
然而，对于长期跑厦漳专线物流的蒋先生来说，厦漳跨海大桥的通车对他影响不大，“25元一趟太贵了，过海沧大桥、杏林大桥也才收12元，所以我基本不打算走跨海大桥，除非是客户的货较急。”
经常跑厦漳专线的的士司机陈师傅也表示，走不走跨海大桥，关键还是要看乘客的意愿。漳州市区出租车价格调整后，已对各项收费有明确规定，超过2公里，每公里收1.8元，超过8公里的，每公里还能收9毛钱的返空费，至于过桥费、高速通行费都由乘客自己承担，“这就不用我操心，乘客想坐舒服点，时间快点，那你多掏钱，我就走大桥，如果你不想走大桥，那我就跟原来一样”。
厦漳跨海大桥与绕行厦门湾通行费用对比
厦漳跨海大桥，全长9.33公里，单次通行费用如下：
◎一类车(7座及以下车辆)：9.33公里×2.68元/车·公里=25.0044元
◎二类车(8座-19座车辆)：9.33公里×5.36元/车·公里=50.0088元
◎三类车(20座-39座车辆)：9.33公里×7.50元/车·公里=69.975元
◎四类车(40座及以上车辆)：9.33公里×8.04元/车·公里=75.0132元
◎五类车(货车)：9.33公里×9.38元/车·公里=87.5154元
倘若从厦门到漳州开发区，从厦漳跨海大桥走，全程约20公里，耗时不到1小时，算上两侧引桥收费，小轿车估计需花50多元。
然而，如果绕行厦门湾，走公路，单程50多公里，耗时2小时左右，只需花5元~10元的高速通行费。