《办法》强调，达到公开招标限额标准的科技项目一般应采取公开招标。专业性强、有特殊要求或者受自然条件限制，只有少量潜在投标人可供选择的，以及采用公开招标方式的费用占项目合同金额比例过大的，可邀请招标。
投标方面，明确对于有依托工程要求的科技项目，应由研究单位与建设方或施工单位联合投标，联合投标时应明确第一承担单位。联合体投标的应向招标人提交联合协议，载明联合体各方承担的工作和义务。联合体各方应当共同与招标人签订合同，并就合同约定的事项对招标人承担连带责任。
同时，要求评标委员会按照招标文件中规定的综合评标标准和方法，采用综合评分法开展评标工作。不得改变投标文件的实质性内容，不得阐述与问题无关的内容，未经允许投标人不得向评标委员会提供新的材料等。
《办法》规定，对列入交通运输部科技计划，获得部经费支持，以科学技术研究开发活动为主要内容的科技项目，应按本办法招标确定承担单位。