《意见》提出，交通运输部将继续深化大部制改革，提速“大交通”的形成；完善交通运输现代市场体系，逐步建立负面清单，交通运输市场主体和从业人员施行“黑名单”制度；深化收费公路改革，政府投资的收费公路实行收支两条线，改革收费公路通行费率形成机制，实现通行费率与营运服务水平等挂钩。
对于收费公路问题，意见提出“大胆破冰，深化公路管理体制改革”，“政府投资的收费公路实行收支两条线”。立足我国基本国情和社会多元化的出行需求，按照使用者付费、债务风险可控等原则，完善收费公路发展机制。
意见明确，要制定收费公路改革方案，加快推进《收费公路管理条例》修订。改革收费公路管理模式，对政府投资的收费公路实行收支两条线，通行费收支纳入政府预算管理；对采用政府与社会资本合作模式及社会资本全额投资建设的经营性高速公路，实行特许经营。改革收费公路通行费率形成机制，实现通行费率与营运服务水平等挂钩。完善收费公路信息公开制度。
在城市交通综合治理方面，意见提出要“探索新机制，完善现代运输服务体系”。
对于普遍关心的出租车管理体制改革问题，意见表示，要科学定位出租汽车服务，完善运力投放机制，科学调节出租汽车总量，推进通过服务质量招投标等方式配置出租汽车的车辆经营权。完善出租汽车价格动态调整机制，形成与公共交通合理的比价关系。加强对手机召车等新型服务模式的规范管理，鼓励发展多样化约车服务。推动出租汽车行业实行公司化、集约化经营和员工制管理，进一步形成畅通有序的行业诉求表达和权益保障机制。
此外，意见还就统筹地方铁路、公路、水路、民航、邮政等管理，加快形成“大交通”管理体制和工作机制，鼓励和支持各地加大综合交通运输改革探索等方面提出了改革方向。