管理体制方面，该条例确立了由政府统一领导、主管部门主导、部门协作配合的多层次轨道交通运营管理体制，明确交通运输主管部门为轨道交通运营的主管部门，其他相关部门、轨道交通沿线的县（市、区）人民政府及高新区管委会等机构，要按照各自职责协助做好轨道交通有关工作。
规划与建设方面，为加强规划管理，该条例对有关主管部门编制规划的职责、程序提出了具体要求，并要求编制规划时要统筹轨道交通不同线路之间，轨道交通与其他城市公共交通系统之间的换乘衔接，并结合客流量、换乘需要预留停车场、公共汽车和出租汽车站点、公共便民自行车站点等公共设施以及疏散空间。针对群众普遍关注的轨道交通建设时常造成交通拥堵问题，条例进行了专门的制度设计，明确轨道交通建设要设置必要的交通拥堵疏导空间，影响道路通行的，要制定交通疏解方案，避免或减少因工程施工对城市交通造成的影响。
运营与服务方面，该条例在提高运营服务质量、确保乘客合法权益等方面作了较多规定。其中，明确了运营单位要按照运营服务规范提供安全、便捷、优质的服务，并分别对公布列车运行状况、配套建设无障碍设施、设置醒目的站外导向标志和票价实行政府定价等作了详细规定。同时，该条例也对乘客的文明乘车做出了规定，如第三十一条规定了禁止乘客携带影响公共安全、运营安全的物品进站乘车、第三十三条列举了乘客不得进行影响运营秩序、轨道交通设施容貌和环境卫生的行为。
安全与应急方面，条例明确了轨道交通建设、运营的安全责任主体，并要求设置专门的安全生产管理机构，确保轨道交通建设和运营安全；对禁止危害轨道交通设施和运营安全的行为分项进行了明确。同时，为提升安全应急工作的成效，还对轨道交通突发事件应急预案的制定、分级启动的程序等问题作了具体规定，明确了主管部门及相关单位应急处置工作职责。