港府发言人解释，预算费的提高，主要原因是近年建筑工人工资水平、建筑材料和机械等价格均向上调整，造成已批出及将批出的工程合约投标价及预算投标价高于2011年时向立法会申请的预算。
港府运输及房屋局局长张炳良11月6日指出，任何工务工程最初申请时，都会以当时的成本为基础估算，但到真正招标及开展工程时会受到不同因素影响，超支无可避免。待确定最后款额后，政府会向立法会交代，再向立法会工务小组委员会及财委会申请拨款。
此外，发展局5日书面回复立法会议员的提问中，提到港珠澳大桥香港口岸填海及口岸设施的完工日期为2017年年底，较原先预计迟1年。港府发言人解释，上述完工日期是指这个项目其中一份相关交通管制及监察系统合约的完工日期。这份合约的工程会分阶段完工，当中有部分交通管制及监察系统设施并不需要与大桥同时完工。换言之，港珠澳大桥香港口岸工程预期将于2016年底至2017年底相继完工。
全长接近50公里的港珠澳大桥是“一国两制”框架下粤港澳三地首次合作建设的大型跨海交通工程，也是世界上最长的跨海大桥工程。大桥于2009年12月启动工程，预计于2016年竣工。香港相关的工程原定2010年年底前动工，但受有关司法复核案件影响，动工的时间表较原定动工日期相差约一年，费用增加约65亿港元。
