中央气象台于1日18时发布台风红色预警。“妮妲”预计于2日凌晨在珠江口一带登陆，登陆时风力可达13级至15级。
何建中强调，各单位要高度重视，细化措施，通力协作，有力、有序、有效做实防御工作，确保通航水域及在建工程安全防御得当，协助涉海、涉岛旅游人员安全转移。公路管理部门要对暴风雨可能引发的山洪、泥石流等次生灾害进行重点部署。交通运输工程建设主管部门要高度重视施工人员、重要设备设施的防护工作，尤其是做好港珠澳大桥等在建重点工程项目的安全防护工作。港口行政主管部门要严防台风对港口机具设施及作业人员造成重大损失。各级海事部门要加强对重点船舶、重点海域的监管，及时采取停航、停运措施。各级海上搜救中心要积极协助地方政府和渔业部门组织渔船进港避风，确保不留死角、不漏一船。救助局、救助飞行队要做好各项应急准备工作。
为有效防御“妮妲”，广东省交通运输系统积极落实防台风岗位责任制，省公路局严格做好公路水毁易发路段、危险路段、桥梁涵洞等巡查排查工作，将及时准确发布公路中断信息和公路设施损失情况。广东海事局启动I级防台风响应，撤离全部海上平台作业人员2000余人，对珠江口海岛游航线实施全部停航。广铁集团管内京广、京九、广茂、广梅汕等普速铁路，以及广深港、厦深、南广、贵广、京广、广珠城际、广深城际等高速铁路600余对列车2日停运，其中，动车组列车将全天停运，普速线列车将在当日21时后视天气情况再做决定。广州白云机场、深圳宝安机场、珠海金湾机场分别启动防台风和航班大面积延误应急保障预案，提示广大旅客及时与相关航空公司联系，了解航班动态，合理安排出行时间。广州市交通运输管理部门要求各道路客运企业、站场原则上立即停运所有客运车辆，所有班线停止售票；正在执行运输任务无法立即停运的客运车辆应做好避险措施；对已售票线路，客运站场应视情做好退票或安置工作。另外，广州地铁部分线路暂时停运，以确保乘客安全。
