促进协同创新
协同创新是重要发力点之一。《指导意见》提出，鼓励支持运输企业协同创新，促进产业联动发展、企业联盟发展、旅客联程运输发展。
在产业联动方面，鼓励运输企业打破单一产业界限，引导运输企业与现代农业、现代物流、邮政快递、商贸流通企业无缝衔接，打造全链条、立体式交通物流体系。鼓励运输企业与先进制造企业建立供应链战略合作关系，促进物流业与制造业流程再造。推进运输企业与文化旅游业深度融合，引导航运企业大力发展航运金融、保险、航运交易等现代金融，拓宽投融资渠道，促进航运服务业发展。
在企业联盟发展方面，鼓励运输企业组建企业联盟，促进产业链、供应链和服务链的一体化整合、网络化发展、系统化集成，推进冷链物流联盟、危险货物运输联盟、多式联运联盟发展。
在旅客联程运输方面，推动跨运输方式的客运联程系统建设，统筹运输方式间运力、班次对接，引导运输企业开展空铁、公铁、公水等旅客联程运输服务，推广普及道路客运电子客票、网络购票、实名制购票，鼓励第三方加快综合客运联网售票平台发展，引导联程运输票务一体化发展。
加快组织创新
组织创新将是企业创新发展的“重头戏”。在推进运输企业“双创”方面，《指导意见》明确，支持交通出行、无车承运、快件投递等领域服务众包；鼓励大中型运输企业、行业协会和企业联盟，为中小企业提供货源、车源、信息、技术等扶持；通过实物众筹、股权众筹等方式，拓宽运输企业创业创新投融资渠道。
货运组织方面，引导铁路运输企业开发小运转、快速循环、城际间等多频次多样化的集装箱班列服务产品，打造铁路运输快件示范线；推广“多站合一”的农村物流节点发展模式；引导航运企业加快构建全球海运网络，实现吨位共享、舱位互租、航线联营；支持组建国际化、规模化的混合所有制航空物流公司等。
《指导意见》还明确促进新装备新技术应用，完善激励政策，鼓励支持运输企业技术创新，运输企业平均研发投入占营业收入比例力争达到2.5%。
