申建城市财政收入、地区生产总值“底线”提高
相较《通知》，《意见》提高了申报建设地铁和轻轨的相关经济指标。
在申报建设地铁方面，申报建设地铁的城市一般公共财政预算收入、地区生产总值“底线”分别由100亿元、1000亿元调整为300亿元、3000亿元。《通知》对拟建地铁城市的初期客运强度没有作出规定。而《意见》则规定拟建地铁城市初期客运强度不低于每日每公里0.7万人次。
在申报建设轻轨方面，申报建设轻轨城市的一般公共财政预算收入、地区生产总值“底线”分别由60亿元、600亿元提高到150亿元、1500亿元。《通知》对拟建轻轨城市的初期客运强度没有作出规定。而《意见》则明确规定，拟建轻轨城市初期客运强度不低于每日每公里0.4万人次。
建设项目财政资金投入不得低于40％
《意见》明确，城市轨道交通项目（不含有轨电车）由省级发展改革部门根据国家批准的城市轨道交通建设规划，按照相关程序审批（核准），未列入建设规划的项目不得审批（核准），严禁以市政配套工程、有轨电车、工程试验线、旅游线等名义违规变相建设地铁、轻轨项目。已审批（核准）建设城市轨道交通项目的城市要合理把握建设节奏，着力优化项目设计，合理控制工程造价，有效降低工程总投资。
在地铁、轻轨建设财政资金投入比例、有轨电车审批方面，《意见》明确：地铁、轻轨建设项目总投资中财政资金投入不得低于40%，有轨电车项目由省级发展改革部门负责审批（核准）。在上述两个方面，《通知》并没有作出规定。
国家统筹、省负总责、城市主体
《意见》明确指出，健全部门间协同联动监管机制，国家发展改革委、住房城乡建设部等有关部门要建立城市轨道交通监管数据库，加强信息共享，运用大数据等技术手段提升监管水平，发挥行业协会作用，及时动态掌握城市轨道交通建设规划实施情况。
在责任主体方面，《意见》提出，坚持国家统筹、省负总责、城市主体的原则，明确有关部门和地方政府责任。国务院有关部门要加强对城市轨道交通规划建设工作的统筹和指导，省级政府有关部门对建设规划实施履行全过程监管责任，城市政府对项目建设和本级政府债务风险管控负主体责任。
