据“香港01”网站4日报道，林郑表示，3日晚并非正式通车仪式，只是双方工作层面交接，不存在部分舆论所谓的“鬼祟”进行。内地口岸区工作人员膳食费用会由内地方面支付，港铁只是负责招标。她还提及，内地口岸区的清洁费、水电费、维修保养费等，全部都是由内地负责，希望消除公众疑虑。
“香港01”网站3日独家报道西九龙站有“神秘的B5层”，内部职员可经B5层的狭窄通道，通往所有月台，引发香港舆论关注。公民党立法会议员陈淑庄表示，一直以来都只知道有B1至B4层，要求港府和港铁出面解释。林郑对此解释称，很多隧道工程都有类似安排，作用类似酒店后勤部门(Back of house)，可以供工作人员通过，B5楼层并不神秘。港铁也表示，B5层是B4月台层之下的后勤通道，只供支援车站维修及作为消防紧急通道使用，不属内地口岸区范围，由港铁公司负责管理，亦非乘客使用的区域。由于通道在B4层之下，因此标示为B5层。
据《星岛日报》报道，还有消息称会有少数内地人员通宵驻守口岸区，与港府早前说法有分別。林郑月娥表示，内地机关人员不会离开口岸，亦不会在口岸居住，但由于非营运时间仍需要有人驻守，因此不论内地或香港，都需要人员分时工作，以准备翌日列车运作。
林郑表示，9月22日她会联同广东省省长马兴瑞主持开通仪式。由于高铁通车在即，舆论难免有担心和疑虑，运输及房屋局会在未来数日就各种细节，“公开透明解释，让公众有所适从”。
《星岛日报》还报道称，内地用以限制“严重失信人”搭乘高铁的“失信人名单制度”，亦会随高铁开通而引进到香港。在高铁香港段列车内吸烟、“严重扰乱铁路运输秩序，造成严重社会不良影响”、不合资格使用优待票等行为，都有可能被列入“黑名单”，在3个月至半年内被禁止购买高铁车票。
