9月15日起，广东省交通运输系统有关单位和部门全部进入24小时值班值守状态。按照部署，珠海以西以南区域包括琼州海峡、港珠澳大桥、港澳高速公路客运、相关地市道路水路运输、客运站场、港口码头、客运班线航线，适时关闭或停止作业，并做好滞留旅客、车辆相关服务保障工作。截至16日17时，广州、深圳、珠海、汕头等18个地级市辖区内高速公路及特大桥梁入口已全部封闭；珠海、江门、中山市所有26条国省道已全线交通禁行；在建的50个公路水运工程项目全面停工，人员及工程船舶已全部转移至安全地带；全省港口已全面停止作业，港机按防风指南固定，除值班和应急人员外其他人员已撤离至安全区域。所有在列保障中心、路政、拯救、养护的专业或兼职抢险救援队伍，备勤待命，随时启动开展抢险救援工作，并及时响应地方政府或交通运输部门抢险要求。
琼州海峡已于15日9时起全线停航。广东海事局启动Ⅰ级防台风响应，利用广东智慧海事监管平台，逐船点名引导船舶合理安全进入防台风水域。截至16日17时，广东辖区水域6752艘船舶（不含渔船）全部进入防台风状态，累计派出406艘海巡船舶、2483名海事执法人员提前对防台风锚地和防台风水域进行清理，共发出劝告书162份；协调出动直升机150架次、拖轮17艘次，撤离平台作业人员3238人，发送预警信息近3万条。辖区水上交通平稳，无人员伤亡发生。
9月15日，海南省交通运输厅分别派出3个督导检查组对重点市县落实防御准备工作情况进行督导检查，督促指导有关单位做好防御准备工作。加强对公路桥涵、排水系统和公路沿线标志标牌、高大树木等及时清理加固，消除隐患；落实客滚船和货船防风避险措施，组织航运企业抓紧抢运岛内生产生活物资，完成码头仓库及堆场的货物全部疏运任务，加固港口大型设施，做好琼州海峡停航后滞留旅客、车辆疏导工作；加强道路运输安全防护措施；加强在建交通工程防御工作，全面开展防台风防汛隐患排查整改；抢险队伍、机械、物资随时处于待命状态，一旦公路和港口发生险情，第一时间组织力量抢修、保通保畅。
为防范台风“山竹”带来的风浪影响，福建省台风影响区域各级指挥长带班、防汛防台风责任人到岗到位，实行24小时值班制度。截至16日17时，福州及以南沿海地区在建交通施工工地已全部停工，福州港（除宁德外）、湄洲湾港、泉州港、厦门港全部关停，福州以南沿海地区内河渡口停渡，闽台大小三通8条线停航7条，厦金航线已复航。福州以南32条沿海陆岛客渡运航线一度停航。福建发往广东等台风影响区域的班线于16日全部停运。
台风“山竹”预计9月16日夜间至17日白天进入广西，9月18日将进入云南。广西壮族自治区交通运输厅实行24小时应急值守，排查港口航运、道路运输、公路、高速公路、公路水运工程建设等方面安全隐患。云南省交通运输厅要求各单位深入开展拉网式排查，全面清除安全隐患。
