根据《通知》，2013年度交通运输节能减排专项资金优先支持的项目共涵盖六个领域。
一是公路交通运输基础设施建设与运营领域。其中包括公路及沿线设施、桥梁、隧道、运输站场节能照明技术应用，清洁能源、可再生能源在公路交通运输基础设施建设与运营中的应用和温拌沥青技术和沥青路面冷再生技术应用。
二是道路运输装备领域。其中包括天然气车辆在道路运输中的应用、绿色汽车维修技术应用、机动车驾驶培训模拟装置应用。
三是港航基础设施建设与运营领域。其中包括清洁能源、可再生能源在港航领域的应用、靠港船舶使用岸电技术应用、集装箱码头RTG“油改电”技术应用、港口机械节能技术应用。
四是水路运输装备领域。其中包括营运船舶和施工船舶节能减排改造技术应用和天然气船舶在内河运输中的应用。
五是交通运输管理与服务能力建设领域。其中包括营运车辆和港口智能化运营管理系统应用、治理公路运输车辆超限超载不停车预检系统应用、内河船舶免停靠报港信息服务系统应用、公众出行和物流公共信息服务系统应用和交通运输节能减排统计监测考核体系建设。
六是交通运输节能减排试点示范项目。其中包括交通运输部低碳交通运输体系建设的主题性、区域性和能力建设试点项目，财政部、国家发展改革委“节能减排财政政策综合示范城市”项目，交通运输部公布的交通运输行业节能减排示范项目。
据了解，专项资金原则上采取以奖代补方式，主要对象是开展节能减排项目的公路水路交通运输企事业单位，重点为交通运输部“车、船、路、港”千家企业低碳交通运输专项行动参与企业。
申请单位必须具有独立法人资格、管理规范；具有健全的财务管理制度、能源管理机制健全；具有较完善的能源计量、统计和考核管理体系；无知识产权纠纷，并具有完整的项目审批实施手续，且在2010年1月1日至2012年12月31日期间完成交（竣）工验收；申请单位还必须从未获得过交通运输节能减排专项资金补助和未享受过中央其它财政节能减排资金支持。
《通知》指出，申请单位需按规定将申请材料上报。需要注意的是，2013年交通运输部选定天然气车辆在道路运输中的应用、集装箱码头RTG“油改电”技术应用、营运船舶和施工船舶节能改造技术应用三个领域开展第三方机构审核。申请单位需从交通运输部已公布的第三方审核机构名单中选择委托第三方审核机构对项目规定的内容进行审核。
交通运输部将在公示期满无异议后，报财政部审批。财政部对专项资金项目审批后，将专项资金按照有关规定程序下达相关省区市财政主管部门，各省区市财政主管部门负责将专项资金拨付到申请单位。
