武广高铁委托给广铁集团和武汉铁路局代为运营，每年需要支付一笔委托运营费。这笔费用最初是铁道部根据过往线路的工作量资料清算得出，此后根据每年的客流量和动车对数增加有所增长，但原本都预计此项成本变化不会太大。
武广高铁2012年的总收入达到97亿，2011年这数字为75亿元，武广高铁运营的第一年则为50亿元。随着京广高铁的全线贯通，预计2013年武广高铁的运营收入还将大幅提升，全年会超过100亿元。
武广高铁每年的财务支出中，当前计提的设备折旧费用约30亿元，支付给银行(行情 专区)的贷款利息28亿元，水电费管理费15亿元-20亿元，最后一块则是支付给武汉铁路局和广铁集团的委托运营费。
武广高铁的投资中，广东、湖南和湖北省分别通过广东省铁路建设投资集团有限公司、湖南省土地资本经营有限公司、湖北省客运铁路投资有限责任公司三家公司共计出资100亿左右。
武广高铁整个投资规模在1500亿左右，除了广东、湖南、湖北三省政府出资外，前铁道部一直期望能让渡200亿元左右的股权给社会资本，并先后与平安集团、中国人寿(行情 股吧 买卖点)集团接触过。但经此变故，社会资本对铁路投资更加疑虑重重。
事实上，今年2月份就已经有报道指出，平安和社保基金已经于2012年下半年分别提出希望京沪高铁大股东中国铁路建设投资公司代表铁道部回购股份。但是两家机构公开表示的几点意见中还未提及成本调高一项，只表示，铁路清算的不透明，以致股东难以获知跨线收入是否完全并入。
成本调整的背后，其实是中国铁路总公司将合资公司的盈利腾挪至全资的铁路局手中，而这背后更多是考虑偿还高额的高铁建设负债。
另一参与了铁路改革讨论的专家评述，铁路的清算系统亟待改革。他说，当前铁路的政企分开只是第一步，第二步是打破垄断，要让这一行业形成几个大企业和若干小企业，然后重新建立起行业的公平规则。
根据前铁道部发布的财务报告，2012年前三季度，铁道部税后利润持续亏损，为-85.41亿元，而负债率已经攀升至61.8%，总负债高达2.66万亿。
决策层需要将原铁道部的负债，以高铁为例，轨道建设等基础设施建设产生的负债更多因为区域经济的发展和国土资源的开发，应该纳入公益性负债考虑，而后续的运营则应该是市场化的企业行为。“只有将这些债务区分开，债务明晰了，这社会资本才可能进入参与铁路投资。”他说，否则，后续的铁路建设主体仍然只有中国铁路总公司一家，而高负债的铁路投融资模式已经难以为继的情况下，中国铁路的建设将难以为继。
