审计发现如下问题：
(一)预算执行中存在的主要问题。
1. 2010年至2012年，部本级在没有细化人员经费范围和标准的情况下，从其管理的543项科研项目的15.56亿元预算总额中安排人员经费1.86亿元，主要用于人员工资及补贴支出。
2. 截至2013年2月，部本级于2006年和2009年两次批复的厦门基地救助码头项目，因前期论证不充分终止建设，造成已支出的2574.74万元形成损失、结余1855.26万元在项目承担单位闲置。
3. 2012年，部本级未执行政府采购程序，直接将所属房产的物业管理委托机关服务中心，支付管理费376.2万元;所属公路科学研究所有1090.6万元的会议、印刷业务以及办公设备购置支出未执行政府采购;所属救助打捞局违规委托不具备政府采购业务代理资格的下属单位代理应急物资采购，支出1958.93万元。
4. 2012年，部本级将46个会议的费用支出358.46万元转由所属单位及其他单位承担。
5. 4家所属单位自行扩大开支范围1298.86万元。
(1)2003年至2004年，所属大连海事大学未经批准，自行动用海事专家与留学生公寓建设资金中的574.96万元，建设教学楼;2009年至2011年，未经批准，自行动用进口船舶综合驾驶模拟系统采购结余款666.14万元购买本校生产的模拟系统及相关电脑设备。
(2)2012年，所属科研院未经批准，自行将交通运输节能减排专项资金中的40万元，用于其他支出。
(3)2012年，所属科研院、水运科学研究所和规划研究院在3个项目中列支与项目无关的支出17.76万元。
6. 截至2012年底，所属大连海事大学的“节约型校园节能监管体系项目”因前期基础工作不充分，项目预算中有390.11万元(占总预算的97.6%)未执行。
此外，部本级2012年初向财政部申报并获批复的554个项目预算3.55亿元，没有细化到项目具体承担单位。
(二)其他财政收支中存在的主要问题。
1. 2006年至2012年，所属中国船级社上海分社将地方有关部门拨付的资金放在往来科目核算，造成少计收入3041.81万元，其中2012年802.50万元。
2. 2012年，所属管干院将以前年度项目资金结余186万元转入事业基金，未上缴财政。
3. 2012年，所属公路科学研究所使用389张不合规行程单据核算报销差旅费54.77万元。
4. 2012年，所属机关服务中心未将受部本级委托管理房产的租金收入1470.72万元上缴中央财政。
5. 截至2013年3月，所属东海救助局尚未将其为救助指挥业务用房建设项目投入的自有资金471.27万元，编入项目竣工财务决算。
6. 截至2012年12月底，所属管干院投资1.75亿元建设并投入使用的室内游泳池等工程，未及时办理财务竣工决算。
7. 截至2012年12月底，所属中国船级社上海分社投资1266.82万元改造并于2012年5月投入使用的综合办公楼，未及时办理竣工财务决算。
8. 截至2012年底，所属规划研究院办公电脑使用非正版办公软件34套;所属大连海事大学办公和教学电脑使用非正版操作系统和办公软件5567套。
9. 2012年，部本级向所属单位转嫁因公出国(境)支出19.56万元。
此外，2012年，部本级有3个三级会议在计划外召开，有5个因公出国(境)团组未纳入年初计划。
