大桥开建三年半以来，广东海事部门不断创新监管思路，积极妥善协调粤港澳三地政府、粤深港澳四方海事机构、多个港航部门以及建设单位和施工单位，共同构建大桥建设安全生产责任链，截至目前没有发生涉及大桥建设的水上交通事故。
每天4000多艘次船舶往来施工水域
港珠澳大桥所跨越的珠江口水域是我国水上运输最繁忙、船舶密度最大的水域之一，每天过往该水域的各类船舶达4000多艘次，船舶种类从几吨的小渔船到30万吨的油轮都有。
在这样的水域建设大型桥隧工程和修建人工岛，更加剧了通航环境的复杂性。广东海事局局长梁建伟介绍，在大桥建设高峰期，有1万多名施工人员、1000多艘船舶参与，而且施工水域是我国珍稀动物中华白海豚国家级自然保护区。此外，珠江口属南亚热带海洋性季风气候，天气复杂多变，水上交通安全监管难度之大可想而知。
今年港珠澳大桥逐步进入施工高峰期，特别是涉及伶仃航道转换、沉管隧道管节浮运、桥梁钢箱梁吊装等施工作业的交通组织难度极大。
瞄准零伤害零污染零事故目标
为实现大桥施工水域“零伤害、零污染、零事故”的总体目标，广东海事部门不断创新海事监管思路。
早在2009年，交通运输部海事局和广东海事局就先后成立了港珠澳大桥建设水上交通安全监管领导小组，设置了办公室，负责大桥建设有关海事工作的组织领导和重大事项的协调工作。现场监管单位广州海事局、珠海海事局和深圳海事局也分别成立了现场监管领导小组。
由于港珠澳大桥建设涉及粤港澳三地政府、三地四方海事机构、港航部门、建设单位和施工单位，协调事宜多、难度大。粤港澳海事机构建立了定期联络协调机制，与建设单位和施工单位建立了安全会议制度等，形成“信息互通、资源共享、问题同解”的工作格局。港珠澳大桥建设单位、施工单位和安全监管单位共同签署了《共建港珠澳大桥建设平安水域合作备忘录》。
监管全天候全方位网格化
大桥建设实施五线四区三域的“网格化”监管模式，每个分区设置现场监管趸船，安装船舶自动识别系统等智能设施设备，配备现场监管船艇和人员，形成“远程监控有专台、近程监控有专室、现场监管有专船、责任落实有专人”的监管格局。为实施全天候全方位的现场监控，广州VTS（船舶交通管理系统）成立了港珠澳大桥专台；广州海事局组成以30米海巡船为主的巡航船队，珠海海事局组成了以45米海巡船为主的巡航船队。
为了保障台风来临时施工船舶有足够的水域避风，广东海事局划定了特种施工船舶和普通船舶防台风专用水域及推荐水域。
此外，广东海事局还实施了施工许可、入场查验、现场巡查等三级船舶准入制度，严把施工船舶准入关。
