2013年3月，十二届全国人大一次会议通过了《国务院机构改革和职能转变方案》，提出实行铁路政企分开，将铁道部拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部；交通运输部统筹规划铁路、公路、水路、民航发展，加快推进综合交通运输体系建设。2013年11月26日，经国务院和中央编委批准，《中央编办关于交通运输部有关职责和机构编制调整的通知》正式印发，明确了交通运输部有关调整和加强的职责，理顺了与有关部门单位的职责分工，调整优化了机构设置和人员编制。
为贯彻落实中央和国务院改革精神，交通运输部党组高度重视，专门成立了以杨传堂部长为组长的部机构改革和职能转变领导小组及其办公室，建立了工作机制，广泛调查研究，提出改革方案。经过前一阶段的紧张工作，部机关组织召开了落实中央对交通运输部有关职责和机构编制调整动员大会，对改革落实工作进行部署；先后制定印发了改革实施方案、内设机构主要职责、处室设置和人员编制方案，明确了改革实施工作的具体安排，确定了机关各司局的主要职责、人员编制、司局级领导职数以及处室设置，建立和明确了部与管理的国家局之间的职责分工和工作程序；同时，积极推进和完成了新设司局组建、相关司局职责调整和人员划转等工作。目前各项调整工作已基本到位，标志着本次交通运输大部门体制改革落实工作顺利完成。
这次改革，主要有以下特点：
一是体现了交通运输大部门制改革的方向。形成了由交通运输部负责管理国家铁路局、中国民用航空局、国家邮政局的交通运输大部门管理架构格局，初步建立起与综合交通运输体系相适应的大部门体制机制。
二是加强了综合交通运输体系建设。落实交通运输部负责组织拟定综合交通运输战略、政策、法律法规草案、标准等职责以及组织编制综合交通运输体系规划和统筹衔接平衡铁路、公路、水路、民航和邮政规划方面的职能，促进了各种交通运输方式的有效衔接和服务一体化。
三是实现了职能转变。严格落实国务院有关取消或下放行政审批事项的有关要求，清理规范行政审批事项。进一步理顺和明确了交通运输部与相关部门单位的职责分工，健全了职责体系，调整优化了政策研究、新闻宣传、精神文明建设、工程质量监督、应急处置、教育培训、港澳台事务等职责。
四是强化了社会管理和公共服务。在应急处置方面，牵头组织编制国家重大海上溢油应急处置预案并组织实施，承担组织、协调、指挥重大海上溢油应急处置等有关工作；强化了国家公路网运行监测和应急处置协调工作。监督管理方面，负责监测分析交通运输运行情况，发布有关信息；承担公路、水路国家重点基本建设项目的绩效监督和管理工作；强化了交通运输部拟订经营性机动车营运安全标准，指导营运车辆综合性能检测管理，参与机动车报废政策、标准制定工作等新的职责。
五是实现了改革工作的平稳有序、不断不乱。新组建的司局和涉及职责调整的司局严格落实部党组各项要求，开展职责转移、人员划转等工作，确保了人心不散、队伍不乱、工作不断，确保了改革调整和日常工作“两不误，两促进”。
