意见稿指出，在设置地下线时应按重庆地域内地质结构稳定，设计线路及车站埋深，最大埋深不宜超过30米。同时将地铁工程的设计年限分为初期、近期、远期三个阶段。初期为建成通车后第3年，近期为建成通车后第10年，远期为建成通车后第25年。
征求意见稿中规定，地铁运营设计行车最大运输能力，按预测的最大客流量确定，但不应少于每小时30对列车。征求意见稿也提出建议，地铁运营时间宜为6:00-24:00，全天的行车计划，则根据客流量进行安排。但非高峰时段最大开行间隔，不宜大于10分钟。
意见稿还规定，市中心区宜按间距1公里左右设置车站。根据重庆组团式城市特点，线路在各个组团中心站间距可在1公里左右，在组团间区域内可按2公里间距设置车站。
在安全与应急设施方面，列车要设置报警系统，车厢门系统应设置安全联锁，应确保车速大于5公里/小时不能开启，车门未全关闭时不能启动列车。在地铁地面路段要安装“声屏障”，进行隔音，减少对周边的影响。
